Сразу после рождения долгожданный сын был провозглашён Наполеоном королём Римским (фр. Roi de Rome) и наследником империи. Дважды: первый раз в 1814 и второй раз в 1815, после Ста дней, Наполеон отрекался от престола в пользу сына, но оба раза союзники провозглашали Бонапартов низложенными, а законным монархом Франции — Людовика XVIII.
После второго отречения четырёхлетний римский король был отправлен с матерью в Австрию, где ему дали в 1818 новый титул «герцог Рейхштадтский» по богемскому городу Рейхштадт (ныне Закупы, Чехия). Рос при дворе деда, Франца I Австрийского, в Вене. Об отце его при нём старались не упоминать, он считался «сыном Её Высочества эрцгерцогини», с детства его приучили к немецкому имени Франц, а не Наполеон. Несмотря на это, он знал о своём отце, был горячим его поклонником и тяготился австрийским двором. Умер 22 июля 1832 от туберкулёза в возрасте 21 года в замке Шёнбрунн.
Его двоюродный брат принц Луи Наполеон, провозгласив в 1852 себя императором, принял имя Наполеон III; таким образом, он считал постфактум Наполеона II главой династии в 1821—1832 гг., а себя — его наследником.